Группа исследователей собрала эталонный Solanum lycopersicoides геном, дикого родственника культурных томатов, и разработала веб-инструменты, которые помогут селекционерам растений повысить урожайность. Работа опубликована в журнале Plant.
Solanum lycopersicoides (S. lycopersicoides) содержит ген, делающий растение устойчивым к определенному штамму бактериальной пятнистости. Этот ген может быть введен в культивируемые томаты, чтобы защитить их от патогена.
Открытие побудило исследователей из Института Бойса Томпсона составить последовательность генома растения и создать онлайн-ресурсы, чтобы помочь обнаружить больше генов, которые могут улучшить томаты.
“На самом деле даже не было дискуссии о том, нужно ли секвенировать Solanum lycopersicoides, это было просто очевидно”, — рассказывает Сьюзан Стриклер, директор Центра вычислительной биологии БТИ (BCBC).
Дикие родственники сельскохозяйственных культур становятся все более ценными для исследователей и селекционеров растений. В процессе одомашнивания сельскохозяйственные культуры теряют многие гены, но дикие родственники часто сохраняют гены, которые могут быть полезны, например, гены, придающие устойчивость к засухе и болезням.
В своем исследовании ученые продемонстрировали ценность нового генома, обнаружив несколько генов-кандидатов, связанных с соединениями – фенолами и каротиноидами, — которые влияют на цвет, вкус и питание этого вида, а также другие гены, связанные с устойчивостью к болезням.
Возможно, более важной целью проекта было сделать эталонный геном S. lycopersicoides максимально доступным и полезным для научного сообщества.
“Такие данные добавляются в информационный репозиторий Национального центра биотехнологий в качестве общего требования, и это важно, но не все являются биоинформатиками или имеют доступ к ресурсам биоинформатики для анализа данных, — сказал Адриан Пауэлл, ассоциированный директор BCBC и первый автор статьи. — Чтобы расширить доступ и упростить изучение генома, мы разработали веб-инструменты и компоненты, которые могут использовать и дополнять исследователи за пределами нашей проектной группы”.
Одним из инструментов является браузер генома S. lycopersicoides, доступный на сайте Sol Genomics Network, который служит общественным ресурсом и хранилищем данных по томатам и другим видам семейства пасленовых.
Еще один инструмент – атлас экспрессии S. lycopersicoides, который позволяет пользователям анализировать данные секвенирования РНК и визуализировать, какие гены экспрессируются в различных тканях растений и при различных условиях.
