Научными специалистами создан тест для диагностики рака горла и полости рта, который позволяет пациентам собирать образцы слюны в домашних условиях. Модель машинного обучения анализирует микробы в слюне и затем выдает результаты с точностью 90%. Препринт с описанием технологии и проведенного исследования был опубликован на сайте medRxiv.
Сообщается, что Гурудут Банавар и группа исследователей из американской биотехнологической компании Viome разработали тест для выявления плоскоклеточной карциномы полости рта и плоскоклеточного рака ротоглотки на основе анализа микробиома. Он позволяет пациенту самостоятельно собрать образцы слюны, а затем предоставить их для тестирования.
Для проведения апробации разработчики собрали биоматериал у 1 175 человек в возрасте 50 лет и старше, а также у взрослых с историей употребления табака. По словам ученых, слюна находится в непосредственном контакте с полостью рта и является отличным субстратом для жидкой биопсии.
В тесте используется усовершенствованное моделирование с помощью машинного обучения. Он анализирует последовательности РНК. Для обучения модели использовались генетические данные из 945 образцов.
В результате тест правильно определил наличие/отсутствие рака полости рта у пациентов на ранних и поздних стадиях в 90% случаев. Для плоскоклеточной карциномы ротоглотки точность составила 84,2%.
Однако, как отмечается, модель не обнаруживает сам рак, а только изменения, связанные с ним.
“Это своего рода вопрос причинности. Меняются ли эти бактерии из-за рака? Или изменения в бактериях происходят у некоторых людей, которые позже заболевают раком?” – задаются вопросом исследователи.
