Российские ученые разработали нейронную сеть, которая показывает, как определенные участки РНК и ДНК будут взаимодействовать с предлагаемыми лекарствами. Это позволит создавать новые лекарства, в том числе противовирусные. Исследование опубликовано в журнале Nucleic Acid Research: Genomics and Bioinformatics.
Долгое время ученые использовали в качестве потенциальной мишени белки, закодированные в определенных участках ДНК. РНК не рассматривалась, поскольку она является посредником между участками ДНК и закодированными на них белками. Но кодирующая РНК составляет очень малую часть всех РНК с другими функциями. Поэтому на данном этапе ученые все больше внимания уделяют некодирующим РНК. Они рассматриваются как потенциальные мишени для лекарств.
Группа ученых из Сколтеха разработала нейронную сеть, способную определить, как тот или иной участок реагирует на лекарство.
Руководитель исследования Петр Попов говорит: “Наша работа является частью перехода от слепого поиска к рациональному проектированию лекарств. Превосходство последнего становится все более очевидным с ростом библиотек соединений”.
Ранее разработанные методы исследования были применимы только к одноцепочечным молекулам РНК. Новый метод применим и к двухцепочечной ДНК. Он также учитывает различные конформации ДНК и РНК. Их молекулы могут складываться и скручиваться, что изменяет их свойства. Например, наиболее распространенный тип ВИЧ имеет участок РНК, на который нацелены многие лекарства. Изменение конформации молекул меняет набор лекарств, которые могут на него воздействовать. Новый метод может предсказывать такие эффекты, поэтому он является наиболее эффективным и точным для работы.
